Software für Biologen und Molekularbiologen

Dieses Thema im Forum "Software" wurde erstellt von potten, 13. Dezember 2004.

  1. potten

    potten New Member

    Hallo
    kennt Ihr eine "gutre Freeware" für OSX zum Zeichnen von Vektoren? Und für den Umgang mit DNA-Sequenzen! Mac-Plasmid gibt es leider nur für OS9

    Gruß
    POTTEN
     
  2. MacLars

    MacLars New Member

    Frag' mal den Elch!
     
  3. polysom

    polysom Gast

  4. polysom

    polysom Gast

  5. potten

    potten New Member

    Das hört sich ja gut an! Was mir am meisten fehlt, ist ein Vector Zeichen Programm!!!!
     
  6. Macci

    Macci ausgewandert.

  7. potten

    potten New Member

    uuups unsauber ausgedrückt, kein Vektorgraphik Programm, sondern ein Programm um Vektoren, sprich Plasmide (extrachromosomale Replikons) ;) zu zeichnen!!!!
     
  8. Macci

    Macci ausgewandert.

    da solltest du wirklich mal den MacElch anmailen...wenns sowas gibt, weiß der das.
    Der sitzt z.Zt. allerdings in Seattle, ist also meist nachtaktiv :klimper:
     
  9. ks23

    ks23 Ohne Lobby

  10. zwoelf11_

    zwoelf11_ New Member

    Schau mal bei freshmeat.net, da gibt es viele OpenSource Programme. Da gibt es eigene Kathegorien für Scientific, Biology, etc. Viele der Programme sind für Unix, sollten aber dank X11 auch unterm Mac laufen. Einiges gibt es auch für den Mac ohne X11.
     
  11. zwoelf11_

    zwoelf11_ New Member

    Was mir noch zu Molekularbiologen einfällt... kennt ihr den schon?

    Kommt ein Mann zu ner Schafsherde, und spricht gleich den Schäfer an: "Mensch, machen ma ne Wette? Wenn ich dir genau sagen kann, ohne lang zu zählen, wieviel Schafe du hast, dann darf ich mir eins mitnehmen?" meint der Schäfer: "Naja ok, schaffst eh nich, wieviel sinds denn?" sagt der Mann "371!" was natürlich stimmt. Der Schäfer guckt verdutzt. Der Mann will schon mit seinem Gewinn davon ziehen, als der Schäfer fragt: "Nagut, noch eine Wette ok? Wenn ich dir genau sagen kann, was du vom Beruf bist, darf ich mein Schaf behalten, ok?" ok, der Mann willigt drauf ein. "Molekularbiologe!" meint der Schäfer. "Wie hast du das so schnell erraten?" fragt der Molekularbiologe verdutzt. Entgegnet ihm der Schäfer "Naja war einfach. Du hast dir als dein Gewinn kein Schaf sondern den Schäferhund unter die Arme geklemmt..."

    naja ok. ich sollte was essen gehen *magenknurr*
     
  12. ihans

    ihans New Member

    Moin!
    Ich weiß ganz genau was Du suchst, da wirst Du aber mit freeware nicht weiterkommen )-: leider!
    Mußte für meine Diplomarbeit auch Vektoren konstruieren. Bei uns an der Uni haben wir Clonemanager (für win) das konnte man klasse unter vpc laufen lassen, aber is nat. nicht so toll.
    Was gibts denn da noch: Das neue DNAStar (6.0?) kann das, habn die ganz dicke angepriesen, das Prog kostet aber auch richtig Kohle!
    Ansonsten gibts da noch MacVector, auch nicht umsonst! Fand ich aber auch nicht sooo toll. Letzendlich habe iich die Karten mit der trial von GCK (GeneKonstruktionKit) gemacht, abspeichern geht aber nicht, habe mir dann Screenshots gemacht...naja nicht das gelbe vom Ei, aber ich brauchte nur die Abbildungen!
    Wenn Du ne freeware findest, sag mal bescheid
     
  13. potten

    potten New Member

  14. polysom

    polysom Gast

    Hey, danke für den Tipp.
    Das werd ich mal wenn ich Zeit hab ausprobieren.
    Wo wir gerade schon beim Thema sind, kennt jemand ein Programm für den Mac das etwas mit pdb-Dateien (.pdb, Protein Data Bank) anfangen kann?
    OSX will das bei mir immer mit GrafikConverter öffnen (geht aber nicht).
     
  15. MacELCH

    MacELCH New Member

    @potten, Du kannst mir auch die Sequenz schicken und ich erstelle Dir ne Karte nach Deinen Angaben (falls es nicht zu eilig ist).

    Du kannst ja mal hier schauen, da sind irgendwo im M&M Teil ein paar Beispiele die mit Genetyx erstellt wurden drin.

    @polysom

    iMol bei VT
    Rasmol via fink und X11
    Dino wenn Du auch Abbildungen machen willst
    Oder alternativ Pymol

    Ansonsten gibt es auch noch das jmol was auf der RCSB webpage zu finden ist - habe ich allerdings noch nicht ausprobiert, wurde aber von den Pymol Entwicklern sehr hochgelobt obwohl es nicht von Ihnen entwickelt wurde.
     
  16. MacELCH

    MacELCH New Member

  17. potten

    potten New Member

    @macelch
    Danke für Dein Angebot. Werde die gezeoichneten Vektoren aber erst in einiger Zeit benötigen!
     
  18. polysom

    polysom Gast

    @MacElch: Danke für die Links.
    Ich war vor kurzem auf so ner Seite bei der Safari meinte mir würde ein plugin fehlen und er könne deshalb nicht alle Inhalte darstellen.
    Deshalb wurden die pdb-Dateien downgeloaded nur ich konnte sie nicht öffnen.
    Jetzt kann ich sie öffnen (wenn ich sie noch hätte).
     
  19. MacELCH

    MacELCH New Member

    Brauchst nur den vierbuchstaben Code bei der RCSB eingeben, dann bekommst Du das Molekül wieder.
     

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